麻醉科是云南省阜外心血管病医院内设的重要临床科室。麻醉科的医护人员承担包括麻醉疼痛门诊、心血管手术麻醉、导管室介入治疗麻醉、医学影像科检查麻醉、术后急性疼痛治疗和院内急救复苏等各项临床工作。麻醉科现有主任医师2名，副主任医师2名，住院医师13名。另有中国医学科学院阜外医院的1名心血管麻醉专家在麻醉科常驻，指导心血管病的临床麻醉工作，并由中国医学科学院阜外医院麻醉中心提供远程技术支持。麻醉、疼痛门诊可以提供服务包括麻醉和疼痛治疗咨询，麻醉前检查和风险评估，术前禁食和禁饮时间的确定，术前用药方案、术中麻醉方案和术后急性疼痛治疗方案的初步制定，签署麻醉知情同意书，麻醉疼痛近期和远期随访。麻醉科设有20间层流手术室，3间杂交手术室，1间负压手术室。所有手术室内均按照与中国医学科学院阜外医院相同的医疗和护理技术标准选配仪器设备，包括麻醉机、监护仪、体外循环机、超声机等。麻醉科现有医护人员和设备平台，可以完成包括成人心脏瓣膜置换、心脏肿瘤切除、冠状动脉旁路移植、微创手术和杂交手术的麻醉，儿童各类先天性心脏病（包括房间隔缺损、室间隔缺损和其它复杂先心病）外科手术和微创介入治疗的麻醉，以及术后急性疼痛的治疗。麻醉科还负责院内急救复苏工作，包括气管插管、机械通气、等重要临床工作。麻醉科将积极开展住院医师、进修医师、护理人员的培训和带教工作，积极争取在国内外医学学术会议投稿和发言，积极开办全国或地区性的心血管麻醉学习班，积极开展心血管麻醉相关的临床科研工作。以期将云南省阜外心血管病医院麻醉科建设成为我国西南地区知名的集医疗、教学和科研为一体的心血管麻醉科室。