本科室起步于上世纪七十年代，是成立独立专科最早的市级医院之一。经过几代人的努力，本科室已经发展成为治疗各类相关疾病等手术的专业科室，形成了具有专业技术高超的团队，承担着吉林省及周边省市心脏病患者的诊治工作。2010年以来，本科室和其他科室共同组成了诊疗中心，由此开始了以病人为中心的全新的医疗模式，对有疑难的患者，由过去的单一专科治疗变由外科与内科共同诊治，同期解决疾病问题，以减少病人重复治疗及住院的次数，减轻了病人的经济负担，取得了良好效果，处于全国先进水平。为满足我省广大贫困家庭患儿的救治需求，自2011年开始我院开始受省内外多家公益机构的委托，对省内符合条件的农村患儿或者城镇户口低保患儿免费治疗。到目前为止已完成500多名患儿救助手术。目前我科现有医生6名，半数以上具有高级职称，配备专职麻醉师5人（儿童麻醉师3人，成人麻醉师2人）、专职ICU医生3人。病房专科护理团队13人、ICU专业护理8人。配备先进的进口呼吸机、监护仪、体外循环机、麻醉机、除颤器、临时起搏器、微量输液泵等设备以及专科手术间。