吉林医药学院附属医院胸外科是医院建设较早的重点科室，科室人才梯队建设完善，目前有主任医师2人，副主任医师1人，主治医师3人，配有胸腔镜、气管镜、呼吸机等治疗检查设备。科室能够熟练开展肺部良恶性肿瘤、支气管扩张、肺结核、纵膈肿瘤、食道良恶性肿瘤以及乳腺良恶性肿瘤的手术治疗。同时擅长肺部常见病及多发病的诊治。近年来，胸外科在微创（胸腔镜）治疗结核性包裹性胸膜炎、恶性胸腔积液及其他胸腔镜微创手术方面走在省内前列，并且全面开展微创（胸腔镜）下完成肺大疱楔形切除、肺内病灶楔形切除、肺叶切除、纵膈肿瘤（如胸腺瘤）切除等各种手术。微创手术已占胸外科所开展手术的60%。科室可常规开展气管镜检查及诊疗。近2年，胸外科获得市级科研成果2项，院内科研成果4项，并发表SCI等国家级论文多篇。