吉林大学第二医院普通外科是国家临床重点专科建设项目、吉林省卫生厅重点专科、吉林省卫生厅重点实验室单元、吉林省普通外科疾病医疗质量控制中心、吉林省普通外科继续医学教育培训基地、吉林省普通外科腹腔镜培训中心、吉林省医师协会副主任委员单位、吉林大学普通外科疾病诊疗中心、吉林大学-佐治亚大学系统生物联合研究中心组成单位、吉林大学第二医院的重点科室。具有完善的科室规划和发展方向，专科坚持"以病人为中心"及"质量就是生命"的宗旨，专科业务发展方向为：提高普通外科疾病的诊疗能力，提高专科综合服务水平，重点发展以"功能外科"为原则的普通外科疾病微创治疗。自2012年被批准为国家临床重点专科建设项目，科室经历了组织机构改革，进行了专业化分科：肝胆胰外科、胃肠营养及疝外科、结直肠外科、甲状腺外科、乳腺外科等五大专科。各亚专科人员配备齐全，职称、年龄、学历结构合理，医护人员配比1:2，可以处理普外科各种疑难重症。各专科拥有在国内及省内学术界有较高影响力的带头人，具有雄厚技术力量，各级医师能够熟练掌握相应技术。积极利用国家临床重点专科项目平台、吉林省普通外科质控中心主任委员单位优势、吉林省医师协会副主任委员单位优势，建立以重点学科为主导的普通外科疾病多学科(MDT)综合诊治体系，采取包括普通外科主导下，放疗科、化疗科、放射线科、内镜科、病理科等多学科协作的方式，资源共享，优势互补，联合研究，初步构建了一个多学科会诊和合作研究平台。近几年通过派送各亚专科业务骨干人员到国内外相关知名医院进修学习，提高了技术水平，构建了专科团队的核心力量，对急危重症病人开展多学科会诊，建立并完善了由院内、外专家组成的MDT平台;建立医疗质量评估体系和个人业务水平考核体系，加强医疗质量控制。组织相关专家，定期前往基层，与基层医院联合进行科普知识的推广，定期进行常见疾病相关科普知识的宣传，整体提高我省普通外科疾病的防控水平。专科建设目标是建立一个以"功能外科"为特色，具有广博国际视野、敏锐创新意识、显著区域辐射作用、高度信息化的，集预防、诊断、治疗、科研、教学、培训为一体的综合性普通外科重点专科，建成国际国内知名的普通外科疾病诊疗中心、教学培训中心、信息交流中心、科研攻坚中心及健康教育中心。