上海市儿童医院呼吸科是我国最早成立的儿童呼吸科专业的科室之一，是我国儿科呼吸领域的临床、科研和疑难病诊治中心。2009年成为院重点建设学科，同时是上海交通大学儿童呼吸道感染性疾病诊治中心及儿童哮喘诊治分中心，是儿科呼吸专业国家临床药物试验基地。2015年是泸定院区呼吸科乘全院快速发展的东风克服各种困难奋力前行、强力、极速发展的一年。科室人才培养与梯队建设。在现有教授、副教授4人，具有博士学历的医生占25%。目前，呼吸科正在培养一只发展方向和目标明确、高素质、能力强、发展潜力大呼吸医护团队。