内分泌科是上海市儿童医院的优势学科，于1980年建立，首次在国内使用国产仪器进行新生儿甲状腺功能低下的筛查工作，1982年正式成立内分泌专科病房及门诊。近几年来随着小儿内分泌病人疾病谱的改变，科室对儿童性发育异常、糖尿病、矮小症、甲状腺疾病、肾上腺疾病、肥胖症及尿崩症等疾病的诊治水平明显提高。尤其是对包括性早熟、性发育不良、青春期发育延迟等在内的儿童性发育异常性疾病的诊治是本专科的特色。内分泌科现有主任医师2名，副主任医师2名，其中博士生导师1名。目前承担着国家自然科学基金资助项目1项，上海市科委重大项目2项，上海市科委重点项目2项，上海市科委面上项目2项，上海市卫生局重点及青年项目6项，上海市申康医院发展中心新兴前沿项目1项。内分泌科病房现有核定床位10张（包括A类病房2张），日间病房床位18张。2015年门诊人数超过50000人次，住院病人超过1500人。2015年成功举办了"国家级儿科内分泌遗传代谢疾病诊治新进展高级培训班"暨"2015年上海内分泌遗传代谢高峰论坛"。有1人到澳大利亚阿德莱德妇女儿童医院进修学习。今年招收硕士研究1名，毕业硕士研究生1名。