中医科是上海市儿童医院培育学科，传承上海市名老中医徐蔚霖教授、董氏儿科董廷瑶教授的学术思想，注重内外合治，在呼吸、消化、神经、血液、肾脏系统等疾病方面，应用中西医结合治疗取得了很好的临床疗效。中医科目前拥有高级职称4名，中级职称4名，初级职称2名，其中博士2名、硕士6名。目前承担着上海市科委、上海市卫计委、上海交通大学8项科研任务。科室先后开展了冬病夏治穴位敷贴、膏方、推拿、针灸、氦氖激光等项目。并设有中医慢性咳嗽、脾胃病、抽动症、血液病、肾病等专科特色门诊。2015年科室门诊量达13.4万人次，较2014年同比增长50.47%。今年新进博士1名，1名住院医师顺利完成内科病房轮转学习，并至河南中医学院第一附属医院进修学习后进入临床工作。