吉林大学中日联谊医院胸外科始建于1949年，是吉林省首家胸外科，为吉林省胸外科的建设和发展做出来巨大贡献，省内各知名医院都留有三院胸科人的足迹，也为国内众多医院培养了大批胸外科骨干人才，是吉林省胸外科发展的摇篮。胸外科现位于6号楼3、4层，门诊诊室位于门诊部1楼东侧，不承担急诊工作，现编制床位100张，设有普通病房28间，高级病房5间。吉林大学中日联谊医院胸外科集高等院校医教研为一体，技术力量雄厚，设备齐全，现有医生24人，其中博士生导师2名，硕士生导师7名；教授4名，副教授6名；主任医师10名，副主任医师3名，主治医师7名，医师4名。护士48名：在编9名,聘用39名。硕士生导师1名；主任护师1名，主管护师6名，护师2名，护士39名。技师1名。经过几代人不懈的努力，吉林大学中日联谊医院胸外科诊疗技术一直处于国内先进水平，主要收治患肺、食管、贲门、纵隔及胸壁疾病的患者，共完成3万余例胸外科手术。现每年手术达1300余例，相继完成了一系列省内首例高难度风险手术，如：胸腔镜下肺癌根治术、胸腹腔镜下食管癌根治术、人工气管置换术、上腔静脉部分切除人工血管置换术、隆突切除重建术、肺上沟瘤切除术、颈腹两切口食管癌切除食管胃颈部侧侧吻合术、上段食管癌全喉切除食管胃口底吻合术等，其中食管癌切除食管胃颈部侧侧吻合术为国内首创。在省内率先开展了微创胸腔镜技术，现已能完成绝大部分胸外科手术，在省内处于领先地位。近年来承担国家自然科学基金、省部级课题三十余项，经费400余万元；发表SCI论文40余篇；获吉林省科技进步奖5项、吉林大学医疗成果奖10余项。