药学部成立于1949年，是集药品采购供应、药事管理、临床药学、教学、科研为一体的多元化综合型科室。现有专业技术人员96名，其中副高级以上职称13名、博士后1名、博士3名，硕士18名、硕士生导师2名。目前拥有2000多平方米的业务用房，设置有急诊药房、门诊药房、中心药房、单剂量摆药药房、中药配方颗粒药房、药物临床试验药房、静脉用药调配中心、新民药房、南湖药房、北湖药房、供应组、临床药学组、药学门诊、药学研究实验室等十多个专业技术部门，承担全院药品采购、供应和药事管理等工作，为临床提供药学服务、药学科研等药学技术工作。药学部是国家卫健委临床药师培训基地、中华医学会临床药学分会临床药师师资及学员培训中心、吉林大学药学院临床药学实践基地，临床药师培训专业涵盖抗感染、心血管、呼吸、营养、肿瘤、抗凝、通科。药学部结合临床需求成立了药学研究实验室，配备有荧光检测仪、高效液相色谱仪、全自动二维液相色谱系统、ADE主动监测与智能评估警示系统等设备满足药学服务及科研工作的需求，确立了基因检测、治疗药物监测、药品上市后安全性再评价、不良反应监测、细胞代谢与凋亡、循证药学等研究方向。药学部是吉林省药学会临床药学专业委员会、吉林省医学会临床药学分会、吉林省药品再评价协会医疗机构专业委员会的主任委员单位。药学部共有56人次担任吉林省或国家级各级学术团体的主任委员、副主任委员、常务委员、委员等职务，7人次担任核心期刊杂志编委。近五年，药学部工作获得诸多荣誉：药学部品管圈案例在2016年获得全国品管圈大赛三等奖、在2017~2018年连续两年获得全国品管圈大赛二等奖，并多次在省内比赛获奖；多次获得中国药学会全国医药经济信息网信息工作先进单位，在2018年获得中国药学会科普文艺作品优秀创意奖；药学部代表中国北区参加2019年紫禁城国际药师论坛·第五届MKM中国药师职业技能大赛全国赛区总决赛获得三等奖；荣获中国医院协会临床药师工作专家委员会"临床药师培训基地培训学员数量排行榜"第三名……2013年起于倩担任药学部主任和党支部书记，现任领导团队包括郭义明副主任负责临床药学相关工作、杨宗辉副主任负责静脉用药调配中心、李忻副主任兼任药品采购办公室主任，负责药品采购、供应、调剂等工作。近五年药学部发表SCI论文10篇，以第一作者或通讯作者发表核心期刊100余篇，发明专利1项；主编国家卫生健康委"十三五"规划教材1部；共承担课题28项，累计科研经费180余万。