内窥镜中心现有专科医师12人，其中主任医师1人，副主任医师3人。科室建筑面积约400平方米，拥有奥林巴斯和宾得内窥镜主机7台，与之配套的电子胃镜16台，电子结肠镜9台，十二指肠镜2台，环扫胃镜1台，超声微探头1台，气管镜2台。经过多年不断发展，在开展常规胃镜和肠镜检查的基础上，还开展了消化道内窥镜下的特殊诊断，如通过化学染色和电子染色诊断消化道早期癌，使早期胃癌诊断率达到国内先进水平。在内窥镜诊断基础上，内窥镜的治疗也广泛开展，如消化道异物取出术，鼻肠管置入术，息肉切除术等。同时，与普外科合作开展双镜联合下消化科肿瘤切除术，尤其是具有高难度和高风险的内窥镜操作技术也能深入开展：如通过十二指肠主乳头括约肌切开和扩张等技术，进行消化科早期癌症黏膜切除和剥离术等，保持了较高成功率和低并发症率，达到了同类医院的先进水平。