中心实验室是以临床免疫检验为特色的大型现代化实验室，是浙江省临床检验质量示范实验室。中心实验室目前已开展各类检测项有：肿瘤标志物检测、甲状腺功能检测、生殖/内分泌激素检测、代谢类物质检测、自身抗体检测、过敏原检测、药物浓度检测、机体体液免疫细胞免疫分析、产前诊断染色体核型分析等。实验室有规范的工作流程，做好质量持续改进。为了使检验报告准确可靠，实验室各类项目均参加卫生部临床检验中心的实验室间质量评价，并有严格的室内质控。中心实验室有一支高素质的检验队伍，博硕士占到科室人员一半。近三年，科室立项课题5项，发表SCI收录论文12篇，获得专利6项，是器械/诊断试剂临床试验专业备案科室。中心实验室承担检验医学免疫学的规培带教任务，承担浙江省中医药大学本科生和留学生的临床诊断学教学工作，此外还承担了温州医科大学，杭州医学院的医学检验专业实习生带教工作。中心实验急病人所急、想医师所想，与时俱进，不断引进新技术、开展新项目，拾遗补缺，努力填补检测项目的空白，以更好地服务于临床诊疗和患者就医。