科室全面承担肛肠外科门诊及住院部工作，现开设肛肠科门诊，住院部设床位15张，收住各种肛肠科疾病，承担中医药大学附属第三医院外科、肛肠科临床教学、科研及常规医疗服务，拟建设成为中医药大学第三附属医院重点专科之一。学术地位科室有主任医师、主任中医师各一名，负责日常门诊、病房。特聘教授一名，为浙江大学附属医院第一医院结直肠外科副主任，主任医师，指导肛肠科学科发展和技术支持，使科室综合实力处于省内先进水平。技术优势以丰富的中医治疗方法，并结合现代医学微创治疗理念，为患者提供中西医结合的个体化诊疗。研究方向各种肛周良性疾病、结直肠肿瘤及便秘的中西医结合治疗。本科特色以鲜明中医药为特色，为患者提供中西医结合的个体化诊疗手段。拥有电子肠镜、肛肠诊疗仪、中药熏洗仪、结肠水疗仪、微波治疗仪等诊疗仪器。开展腹腔镜下结直肠癌根治术、RPH（自动痔疮套扎术）、PPH（痔上粘膜环切术）、注射疗法、内镜下治疗（EMR、ESD）等微创治疗方法。尤其是并配合中药内服及中药熏洗、推拿、针灸、埋线等中医外治手段治疗功能性便秘、盆底综合征、肛门直肠良性疾病痔瘘裂等具有显著疗效。