儿童康复医学科于2013年12月正式成立，医院重点专科，温州医科大学附属二医院康复医学科住院医师规范化培训基地负责人单位，温州医科大学康复医学与理疗学儿童康复硕士点、医学技术类儿童康复治疗学硕士点、儿科学神经康复硕士点，浙江省儿童康复治疗师培训基地。科室成员包括教授和主任医师1名，副主任医师3名，主治医师2名，住院医师5名，共11名医师（博士3名，硕士8名），护士10名(副主任护师1名，主管护师3名)，儿童康复治疗师16名(中级治疗师2名，硕士2名)组成。科室临床开展脑瘫高危儿的早期筛查和干预，发育迟缓的评估和康复，小儿功能障碍的临床评估和规范康复训练，运动姿势异常的评估与康复训练，重症儿童康复、脑性瘫痪、智力发育障碍、自闭症的早期诊断和干预，心理行为异常的诊断和干预，小儿先天出生缺陷、遗传与代谢病、小儿脊柱骨关节术后等疾病的康复治疗。科室目前主要开展运动疗法、物理因子治疗、作业疗法、言语和语言治疗、传统医学康复疗法、儿童高压氧、水疗、引导式教育、感觉统合训练、音乐疗法、沙盘游戏、应用行为分析疗法、个训疗法、儿童悬吊治疗、生物脑肌电治疗、康复工程、药物治疗手术矫形治疗等康复治疗。参加国内首次孤独症流行病学多中心调查，是中国儿童孤独症八大诊疗中心之一；2004年在国内首先开展儿童重症康复治疗；2008年国内最早开展0～6月龄脑瘫高危儿早期筛查和干预，并在国内儿科领域广泛推广开展脑瘫高危儿分级筛查与干预。发表论文近180余篇（中华级一级杂志约40篇，SCI收录20余篇）；主编著作8部，参加编写24部，包括国家级规范化教材10余部；主持和参加各项课题50余项（国家自然科学基金3项、卫生部基金5项，省级7项、厅市级课题35项）。共招收儿童神经专业和儿童康复专业研究生72名，已毕业63名。