1970年代在普通外科中分出肛肠外科组，有专职肛肠外科医师，主要开展简单的直肠肛管疾病诊疗，2004年肛肠外科成立，隶属腹部外科中心，2017年由腔镜外科、肿瘤外科、肛肠外科及胃肠外科合并整合为结直肠肛门外科，科室发展迈入新台阶。历任科主任宋华羽主任，现任科主任蒋飞照主任，潘贻飞主任。科室现有3个病区，核定床位139张，有医生31人，其中正高级职称4名，副高级职称6人，主治16名，住院医师5名。医学博士5位，硕导2名，温州市"551"人才第二层次1人，第三层次3人，是硕士学位授予单位。学科近年来共承担国家自然科学基金1项、浙江省自然基金2项、省科技厅科研项目1项、浙江省卫生厅基金及温州市科技局等科研项目10余项，目前科室发表各类论文100余篇，其SCI论文30余篇，参编医学专著5部。结直肠肛门外科可以解决所有结直肠肛门部位相关疾病的诊断和治疗，目前科室开展结直肠肿瘤相关手术包括各类结直肠癌根治术，造口旁疝修补术，其中腹腔镜微创手术占全部手术80%以上。科室以低位及超低位直肠癌保肛手术为重要方向，采用经腹TME联合经ISR对低位及超低位直肠癌行保留肛门手术。同时科室还开展结直肠癌肝转移的同期和分期切除术，对结直肠癌局部复发与局部晚期结直肠肿瘤行扩大根治手术，对疑难结直肠肿瘤病例组织MDT讨论为患者提供精准个性化治疗。科室注重学术交流，多次举办温州地区继续教育项目"结直肠癌诊治论坛"，学员覆盖浙江、福建和全国各地，极大推动了本地区结直肠癌总体诊疗水平。历届科主任名单：2005.01-2007.11副主任：宋华羽2007.11-2013.11主任：宋华羽副主任：倪士昌2013.12-2017.05主任：宋华羽副主任：倪士昌2017.05-至今主任：蒋飞照潘贻飞副主任：倪士昌