2000年6月，胃肠肛肠外科隶属于大外科，2001年，成立普外科，2003年，普外科专科细化，肛肠外科独立建科，2013年，设独立病区，同年评为我院重点学科，2017年，更名为胃肠肛肠外科，2019年，医院开展专科专治，专收治胃肠、肛肠及疝疾病。学科分胃肠、肛肠、疝外科三个医疗组，床位54张。现有医护人员28人，其中主任医师3人，副主任医师3人，医师6人；护士18人，主管护师7人。2001年，学科成为我院重点学科；2005年，成为台州市重点扶持学科；2016年，成为台州市医学重点支持学科；2019年，成为医院重中之重学科。2000年6月开诊以来，学科主要收治胃肠、肛肠、肝胆、腹壁疝及腹部创伤性疾病患者，门诊人次18余万，收治病人3万余人次，其中手术2万余人次。2019年，医院开展专科专治，主要收治胃肠、肛肠及疝疾病，全面开展腹腔镜微创外科手术，并逐渐形成以胃肠道良恶性肿瘤规范、精准化综合治疗，胃肠道微创手术，常见肛肠疾病及腹壁疝个体化治疗为特色的学科。