嘉兴市第一医院是嘉兴市感染性疾病定点诊治医院。感染性疾病科是嘉兴市医学重点学科（支撑学科）；承担本地区各类感染性疾病的诊断、教学和临床救治工作，并承担嘉兴市突发和重大公共卫生事件的救治和防控工作。感染性疾病科，拥有各级专业医师近30人，是目前嘉兴市技术力量、医疗设备领先的特色专科，是嘉兴市的感染性疾病诊治中心。拥有相对独立的两幢感染病楼，硬件条件在浙江省内领先。现开设2个病区，床位80张。设置有独立的门诊及辅助检查区域，设有负压病房4间，各病房有各自独立的通风系统，避免交叉感染。基本可满足嘉兴市感染性疾病的隔离和救治需要。感染性疾病科在原有传染科的基础上整合结核科的力量，依托嘉兴市第一医院雄厚的实力，开展临床诊治工作。拥有省内先进的128排螺旋CT、磁共振(MRl)、血液净化装置、电子纤支镜、胃肠镜、遥测心电监护仪、结核杆菌快速培养仪、各种呼吸机、彩超等设备。同时开展乙肝DNA定量、丙肝RNA定量、YMDD、乙肝P区耐药基因检测、基因分型等检测。对病毒性肝炎、细菌性痢疾、腮腺炎、水痘、结核病、AIDS、血吸虫病、手足口病、麻疹、伤寒、败血症、流行性出血热等各类感染病的临床诊治方面有丰富的经验。尤其对各种肝炎、药物性肝损、酒精性肝病、中毒性肝损、脂肪肝等采用各种有效的综合性治疗，获得了满意的效果。对慢性乙型肝炎和丙型肝炎抗病毒治疗、抗纤维化、肝炎后肝硬化治疗方面积累了丰富的经验。特别对重症肝病、肝衰竭抢救治疗领域在嘉兴市领先，开展"人工肝支持系统"治疗各类重症肝病、肝衰竭，是浙江省卫生厅首批批准开展这一治疗技术的七家医院之一，已成功治疗500多例次，疗效显著，是嘉兴市人工肝治疗中心；开展对肝硬化腹水失代偿病人的"腹水浓缩回输术"治疗；肝病治疗仪对慢性肝炎的治疗，均获得了较好的效果；开展肝穿刺—肝组织活检，通过病理和免疫组化的方法诊断原因不明肝损及肝病的分期分级；开展CT或B超定位下经皮肺活检。开展Fibritouch无创肝纤维化及脂肪肝定量检测，承担着嘉兴市的血吸虫病的诊治和省内外疑难病人、输入性疑似血吸虫病人的诊治、晚血临床鉴定和会诊、疑似病例的疫情报告等各项任务。在晚期肝病、肝硬化、肝癌等诊治方面取得一定进展，开展经颈静脉肝内门腔静脉分流术（TIPS）、内镜下硬化剂治疗、套扎术等治疗肝硬化门脉高压消化道出血。2016年开展"乙肝母婴阻断零传播工程"项目，是中国肝炎防治基金会和中华医学会感染病分会核定的全国百家防治医院之一。2017年成立嘉兴市肝病研究所，2018年参与浙一医院李兰娟院士的《国家十三五重大传染病防治科技专项---不同乙肝疾病进展危险度肠道微生态干预技术方案研究》。先后承担省市级科研课题及嘉兴市第一医院课题十余项。感染性疾病科承担嘉兴学院医学院传染病学教学任务。常年开设肝炎门诊、肠道门诊、发热门诊、结核门诊、血吸虫病门诊等。每年发表在SCI、中华及省级以上杂志论文十余篇。每年举办杭嘉湖三市感染病学术年会，"日本血吸虫病肝纤维化发展机制及其防治的临床研究"课题，获得省卫生厅2006年度科技创新二等奖，获嘉兴市科技进步一等奖。主办了国家级继续教育项目《新发传染病诊治技术在基层医院的推广》、《结核病诊治新技术在基层医院的应用与推广》、《基层医院传染性疾病防护技能提高班》、《血吸虫病防治新进展》、《血吸虫病肝纤维化防治进展学术会议》及省级继教学习班项目2项。获得专利发明多项。常年开设肝炎门诊、结核门诊、肠道门诊、发热门诊、感染门诊、手足口病门诊、脂肪肝门诊及艾滋病关怀门诊。