1960年医院在嘉兴市内率先开设儿科，几十年来发展迅速，在临床、科研、教学等方面均处于市内领先水平，2005年评为嘉兴市儿科学重点学科，2010年成功申报省-市共建医学重点扶植学科，2012年成为"嘉兴市儿科诊疗质量控制中心"挂靠单位，2014年被评为"浙江省省市共建医学重点学科"、"嘉兴市医学重点支撑学科"，2015年成为"嘉兴市新生儿危重病诊治重点科技创新团队"，2016年成为"嘉兴市儿童医学中心"、"嘉兴市儿童危急重症救治中心"，2018年成为"上海儿童医学中心嘉兴定点合作医院"并于2019年成立三个分中心。儿科（儿童医学中心）共设二十三病区（包括新生儿病房）、二十四病区两个病区，床位104张。共有成员96名，其中医生38名，主任医师12名，副主任医师8名，研究生导师2名。儿童医学中心主任滕懿群是嘉兴市儿科学重点学科负责人，浙江省151人才，嘉兴市卫生系统学科带头人，嘉兴市儿科诊疗质量控制中心主任，嘉兴学院医学院儿科教研室主任，浙江省医学会儿科分会急重症学组委员；儿科病区主任吴鸣是嘉兴市医学会儿科学术委员会主任委员，嘉兴市中西医结合学会儿科专业委员会主任委员，浙江省医学会儿科学分会委员，浙江省中西医结合学会儿科专业委员会委员。目前儿科已形成一支业务水平高、技术力量雄厚的学科队伍。医院儿科开设门诊、急诊及住院的临床诊治业务，并设立新生儿重症监护、儿科重症监护和新生儿、小儿消化、小儿神经、小儿呼吸、小儿血管科、小儿哮喘、小儿血液、小儿肾脏、小儿内分泌、小儿性早熟及小儿营养等专科。年门急诊就诊量达10万余人次，年住院患儿6000余人次。儿科业务辐射全市5县、市（区）及周边省、市邻近县（市）。儿科拥有进口的小儿呼吸机3台、小儿纤维支气管镜、小儿纤维胃镜、小儿睡眠障碍监测仪、婴幼儿肺功能仪、呼出气一氧化氮监测仪、新生儿亚低温治疗仪、远红外辐射床、蓝光照射箱、新生儿暖箱等医疗设备。