感染科是衢州市医学重点学科，衢州地区重症传染病及耐多药肺结核治疗定点医院，从事不明原因发热、感染性疾病、病毒性肝炎、结核病、手足口病等传染病的临床诊治工作，承担着衢州地区重症肝炎、重症甲流、重症手足口病、重症艾滋病及耐多药肺结核等重症传染病的救治、传染病培训及公共卫生等工作。科室拥有高级职称8人，硕士2人，市级名医1人。设有肝炎病区、普通感染病区、结核病区、应急病区、负压病房。主要有以下技术优势：1.结核病诊治：开展了结核分枝杆菌的培养与药敏技术、结核感染T淋巴细胞检测、肺结核大咯血的介入治疗等，提高了肺结核诊断的正确率及治愈率（尤其是耐药结核病的诊断与治疗）、肺结核咯血窒息患者的抢救成功率。2.肝病诊治：开展了肝穿刺活检术及腹水回收术，对临床诊断较为困难的慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝结核、肝肉芽肿、肝癌、脂肪肝、肝脓肿、原发性胆汁性肝硬化及各种代谢性肝病（肝豆状核变性）等，通过肝穿刺活检来了解患者的肝脏病变，为明确诊断提供了重要的依据；能及时发现早期、静止或尚在代偿期的肝硬化；一些诊断为非活动性HBsAg携带者的患者，通过肝脏穿刺检查，可发现是活动性肝硬化或慢性活动性肝炎，能及早进行抗病毒治疗，延缓疾病进展。3.感染性疾病诊治：开展了细菌培养与药敏技术，对细菌感染的诊治提供了科学依据，及时发现了人感染猪链球菌病等疾病，通过及时的诊治，使病人得到了及时救治。