上海市胸科医院内镜室为国家卫计委呼吸内镜培训基地，能够开展全部四级呼吸内镜诊疗技术。现有医技专职人员10人，陆续吸引全国各大医院及港澳台培训气管镜进修医师近300人。科室目前每年开展呼吸内镜诊治病人10000余例，其中常规气管镜7000余例，超声支气管镜1500余例，经支气管镜诊断肺外周病变500余例，呼吸内镜下治疗1000余例。内镜室常年开放大气道狭窄、气管镜下吸痰、气管、食管异物24h急诊。近十年开展的新技术23项，发表论文35篇，其中SCI论文18篇，IF：50.771，国内核心期刊发表文章17篇，主编专著2部。获得专利3项。承担课题15项，其中国家级课题1项，市级课题10项，校级课题4项。2009年-2017年，每年举办"介入呼吸病学诊疗新技术学习班"，2011年-2017年，每年举办"国际呼吸内镜暨肺癌多学科诊治大会"。获上海市医学科技奖二等奖1项。