中山大学附属第六医院生物样本库始建于2007年，使用面积200余平米，拥有超低温冰箱21台，4℃冰箱2台，气相液氮罐3台，温度监控系统24套，氧气浓度报警系统1套，冷冻水平离心机1台，全自动液体处理工作站1台，全自动核酸纯化提取仪1台，低温条码系统及打印机1套，样本信息化管理系统1套。六院生物样本库职责是采集、保存和利用人类胃肠道常见疾病的组织和血液标本，并对其进行科学的管理和质量控制；目的是充分利用现有的标本资源，为人类疾病的基础和临床研究提供高质量的研究样本。样本库自2011年底改建至今，配备了3名专职技术员，均已取得生物样本库岗前培训合格证书。在外科、手术室、病理科的大力配合下，逐步建立起规范、高效的收样流程和操作SOP，面向全院开展收样工作。中山大学第六附属医院生物样本库建成至今，已具备了相当的规模，储存有肿瘤患者的血清、血浆、全血、血凝块及可供提取RNA、DNA和蛋白质的组织标本。至2020年底，样本库储存的标本近50万份，包括结直肠癌标本20万余份、食管癌和胃癌标本4万余份、炎症性肠病标本1万余份以及25万份血液标本。2017年，我院样本库通过了科技部关于人类遗传资源保藏项目审批，获得中国人类遗传资源办公室批件。2018年参加并取得了全国生物样本库室间质评及第三方质控项目证书。样本库受中山大学第六附属医院胃肠学科建设管理委员会的监督和指导，由具体负责人对日常工作的运行进行独立管理，利用申请的科研课题经费支持规模建设。其性质为非盈利的研究服务机构，但为维持体系的正常运转，研究者须适当支付标本处理费用，用于标本采集、处理、保存、管理、分发，RNA、DNA及蛋白提取纯化，仪器维护及试剂耗材等所需费用。六院领导一直重视样本库建设，自建库以来，已投入至少2000余万元；2011年六院组织库获得学校985建设拨款300万元的支持，购买了一批样本库所需的设备。目前六院生物样本库已基本实现样本处理、核酸提取自动化。样本库依照ISO20387、中国科技部人类遗传资源管理办公室要求有关标准，结合本样本库的实际情况，建立质量管理体系，进行持续改进。