广州医科大学中西医结合研究所成立于2013年1月4日，研究所下设5个临床研究室及1个基础实验室。广州医科大学中西医结合学科以中西医结合研究所为主，创建于20世纪70年代，是华南地区中西医结合重要的临床、教学和科研基地。2003年该学科作为学校重点学科加以建设；2005年开始招收中西医结合专业硕士研究生；2007年招收中西医临床专业五年制本科学生；2010年获得中西医结合专业一级学科硕士点，并于同年成立中西医临床医学系；2012年中西医结合临床学科获批成为"国家中医药管理局重点学科"。该学科拥有1个国家中医药管理局"十一五"重点专科（中医肺病专科)；2个广东省中医药重点专科（肺病科、乳腺病科）；3个广州市"1357工程"重点专科(中西医结合呼吸专科、中医乳腺病专科、中西医结合脂肪肝专科）；3个广州市中医名科（中西医结合消化专科、针灸专科、中西医结合脂肪肝专科）；1个国家中医药管理局"十二五"重点建设专科（中医肺病专科)；1个广东省中医药局"十二五"重点建设专科（中医妇科）；3间附属医院喜获"全国综合医院中医药工作示范单位"荣誉称号（广医一院、广医三院、广医荔湾医院）。该学科的主要研究方向：中西医结合传染病方向；中西医结合呼吸病方向；中西医结合生殖内分泌疾病方向；中西医结合消化病方向；中西医结合慢病康复方向。近年来，研究所发表论文共100余篇，SCI、EI、ISTP收录3篇。获得国家自然科学基金项目15项，国家中医药管理局基地课题1项，省部级项目32项，厅、市级及其他科研项目29项，参研国家"十一五"科技支撑计划2项，总计获得科研、学科及专科建设经费近千万元；获得教育部科技奖2项，广东省科技奖3项，广州市科技奖1项。科研成果转让1项，获国家专利1项，研制系列院内制剂19种（如天龙咳喘灵、天龙茶、健乳灵等）。研究所拥有专业细胞学实验室、生物化学实验室、药理实验室等，有设备齐全的实验仪器。开展了原代细胞培养、细胞原位杂交技术、蛋白质提纯及分析等基础试验。作为国内外中西医结合学术交流与科研合作的平台，与美国、日本、瑞典等地区及国内的香港大学、澳门科技大学、清华大学、广州中医药大学、黑龙江中医药大学等单位的研究院所建立了广泛的学术交流与科研合作。