外科现有住院病床313张，由肝胆胰外科、胃肠外科、周围血管、甲状腺外科等6个专科组成，通过数十年的累积发展，学科无论在人才贮备、学术特色等方面形成了自己独特的中西医结合优势，在国内外有较大影响。学科年收治病入12000多人次，年手术量9000多台次，年门诊量达50多万人次。学科技术力量雄厚，具有高级技术职称专家多人，其中教授（主任医师）15人，副教授（副主任医师）17人，具有研究生学历人员占70%。有一批国内外知名的专家学者，包括省名中医、周围血管病专家蔡炳勤教授，中西医结合围手术期专家陈志强教授，肝胆胰外科专家谭志健教授等。近5年来共主持各级科研课题40多项，在研项目19项，其中包括国家及省部级项目7项；获得各级科技成果10项，开发中药新药2种，出版学术专著5本，教材1本；在各类专业期刊发表学术论文200多篇。拥有国家级重点专科1个，省级重点专科2个。肝胆胰外科是省重点专科，以国际著名肝胆胰外科专家、美国外科学院、欧洲外科学院、英国皇家外科学院院士彭淑牖教授、国家名老中医蔡炳勤教授为学术带头人，以谭志健教授为学科带头人，何军明主任为负责人，专科拥有主任医师3名，副主任医师4名，主治医师5名，设有急诊、门诊及住院病房，开放床位45张，每年为超过2000人次的住院患者和超过10万人次的门诊、急诊患者提供医疗服务，年手术量达1400多台次。专科对刮吸解剖技术10余年的深入研究，开展巨大肝癌切除、复杂胆道手术、腹膜后肿瘤切除、复杂胰十二指肠切除等高难手术。应用肝脏区域完全血流阻断、无血切肝技术进行大量的大肝癌、涉及下腔静脉、主肝静脉的各种高难肝脏手术，达到先进水平；开展复杂肝内外胆道手术、胆道胰腺肿瘤切除、腹腔镜大范围肝切除（左半肝、右半肝切除）等；运用腹腔镜、胆道镜等微创技术，结合肝叶肝段切除、肝实质切开取石、高位胆管切开取石以及中医特色治疗等手段处理复杂肝内外胆道结石，取得满意效果。专科是国内首家刮吸解剖技术培训基地，制作的"刮吸解剖手术教学光碟（肝切除术、胰十二指肠切除术、胃癌根治术）"已全国出版发行。胃肠外科掌握腹腔镜进展期胃癌根治术、腹腔镜下结直肠癌根治术、胸腹联合切口食管贲门连接处胃癌根治术、保留脾门胃癌D2+根治术。解决疑难重症能力上，对腹腔巨大肿瘤切除、腹膜后肿瘤切除、复杂肠瘘处理等重大疑难病症的处理，能准确、有效、规范。开展的新技术有腹腔镜下进展期胃癌根治术、胸腹联合切口食管贲门连接处胃癌根治术、腹腔镜下Heller术、高位先天性肛门闭锁手术、腹腔镜下胃间质瘤切除术、保留脾门淋巴结清扫术、经肛门留置球囊导管解除低位结肠梗阻术等。年手术量1000余台。乳腺科为国家中医药管理局"十•五"重点专科和"十•一五"强化建设专科，中华中医药学会乳腺病防治协作工作委员会主任委员挂靠单位，中国"百万妇女乳腺普查工程"定点医院。有硕士、博士和博士后授予点，于2003年成功制订了乳腺增生病的诊断、辨证、疗效标准，成为目前中医与西医进行乳腺增生病临床、科研的行业常用标准；2009年牵头制定了乳腺癌分期辨证标准，现已在行业内推广应用。肛肠科是全国最早开展肛肠业务的专科之一，是全省最早的肛肠专业硕士研究生招生点。目前为广东省重点建设专科、广东省中医药学会肛肠专业委员会挂靠单位和广州中医药大学肛肠外科硕士研究生招收点，全国第一批肛肠专业国家新药临床试验(GCP)基地。配备有电子胃肠镜、肛管直肠压力测定、排粪造影、结肠运输试验、微量便潜血快速检测、腹腔镜辅助大肠肿瘤切除、功能性便秘的生物反馈治疗、大肠水疗等专科检查和治疗手段。在全国肛肠学界享有盛誉。周围血管外科自20世纪60年代便开展周围血管病的临床、教学和科研工作。专科不断引进新技术，拓展中西医结合治疗周围血管病的业务范围，开展动脉瘤切除、人工血管旁路、Fogarty导管取栓、股动-静脉转流、静脉瓣膜修补、巨大血管瘤的切除等手术，治疗腹主动脉、股动脉瘤、急性动脉栓塞、急性大血管创伤、血栓闭塞性脉管炎、动脉硬化闭塞症、巨大血管瘤、下肢静脉曲张等病变。形成一套处理糖尿病足及难治性溃疡的中医外治方案。甲状腺外科开展开放及腔镜甲状腺手术，包括巨大甲状腺切除、甲状腺癌根治、胸骨后甲状腺切除、甲状旁腺肿瘤切除等复杂手术。对于因巨大甲状腺肿长期压迫气管而导致气管软化病例，为防术后气管塌陷而采用术后留置气管插管的办法，避免了气管切开，取得良好的效果；既减少了手术并发症，也降低了医疗费用和住院时间。