药学部在1989年就成立了临床药学室，开展以治疗药物血药浓度监测和药动学研究为主的临床药学工作。2003年建立了临床药师工作制度，开始培养临床药师。2004年广东药学院药品不良反应研究室及临床药学教研室平行设置于药学部。2006年成为"卫生部临床药师培训基地"，2007年12月成为首批"卫生部临床药师制试点医疗机构"。2009年临床药学教研室升格为临床药学系，2012年1月临床药学学科成为广东省"十二五"医学重点学科，也是全省唯一一个临床药学重点学科。杨泽民教授为学科带头人；学科现有药学技术及教学人员16人，其中硕士生导师5人，教授、主任药师6人，副教授、副主任药师3人，主管药师4人，博士4人，硕士3人，在读硕士3人，本科6人。学科研究方向包括临床研究和基础研究：基础研究包括药效学、药动学、药品不良反应致害物质及其机理研究、药品基因组学研究等；临床研究则包括临床药师工作模式的研究、临床用药干预研究、临床药学服务方案的系统研究与药学服务临床路径研究、循证药学研究、药物流行病学研究、开展合理用药咨询、拓展治疗药物浓度监测品种、药物临床试验研究及开展广东省抗菌药物临床应用监测等。教学方面，卫生部临床药师培训基地从2007年开始招生，至今已为包括新疆在内的全国各医疗机构培养了六批临床药师；接受各医疗机构三个月以上的短期临床药师培训30余人次；从2005年起已连续举办了九期"临床药师系列培训班"，共计有省内外200多家医疗机构的2000多名学员接受培训；担任学校《临床药学案例分析》、《药理学》、《临床药理学》等课程授课，招收硕士研究生和带教本科学生的专题实习工作，现带教硕士研究生共计23人。科研方面，近三年，学科成员作为项目负责人获国家自然科学基金1项，省部级课题3项，厅局级课题3项，广东省医院药学研究基金1项，院内课题1项，共获资助107.42万元。发表论文33篇（其中SCI收录1篇，核心期刊6篇、统计源26篇）。参编书籍21部，其中主编3部，副主编15部。我们通过临床实践与教学相结合的发展临床药学专业的模式的探索，对促进本专业医教研一体化发展发挥了重要的作用，也取得明显的成效，受到上级部门和社会的认可。2006年、2009年获得卫生部抗菌药物临床应用监测"用药评价优秀奖"；2010年获得"卫生部抗菌药物临床应用监测网监测工作特别奖"；2003年获广东省药品不良反应监测工作先进单位、2006年、2009年、2010年和2011年分别获得广州市药品不良反应监测工作优秀单位和先进单位；2011年"广东省医院药学创新奖"三等奖；2012年"中国医院协会医院科技创新奖"二等奖。