耳鼻咽喉科建科于1954年，床位50张。是当时国内、军内为数不多的专科之一，1979年被总后卫生部首批认定为全军医学专科中心，1998年耳鼻咽喉科设立独立病区，床位扩增至60张。2009年病房搬入新的外科大楼，住院条件明显改善。目前已形成耳科学、鼻科学、咽喉头颈外科学、颌面外科学及鼾症外科学四个亚学科。应用解剖、组织病理、免疫组化、组织工程、听觉生理与多媒体图像处理6个基础实验室，以及临床听力学、前庭功能、内窥镜检查、人工耳蜗与助听器选配、多导睡眠监测、嗓音分析、鼻功能检查以及过敏原检测8个临床实验室。2003年中心建立了博士研究生培养点，2004年批准为博士后科研工作站，2006年成为北京市耳鼻咽喉专科医师培训基地，2007年成为国家卫生部内镜诊疗技术培训基地，2009年成为国家药物临床试验机构。现为国家卫生部"为贫困聋儿人工耳蜗抢救性康复项目定点手术医院"。经过上述工作打造了坚实的学科平台，形成了国内与军内的品牌学科，并在全国学科综合排名中连续三年保持前十位。