药学部由药学部办公室、西药房（含住院药房、门诊药房、急诊药房、麻醉药房）、中药房、药库、便民药房和临床药学药检室组成，西药房主要负责我院门诊和住院各科室药品调配输送。中药房主要负责门诊和病区中药饮片处方调剂、免煎颗粒处方调剂、饮片代煎业务。药库负责医院药品与消毒剂的采购、储备及供应。便民药房是为方便市民购药而设立的药房，所售药品可以不经医生处方自由购买（特殊门诊除外），药品与院内药房药品同源同质同价。临床药学药检室负责临床药学查房，对病区药品进行不良反应监测及上报，对处方病历抽查、合理用药点评，参与行风查房、医教护查房、三甲督查等，开展药品知识宣传、用药咨询等。汕头市中心医院儿童分院于2017年12月28日起正式投入使用，设立儿童分院药房，主要负责儿童分院患者的用药调配发放。截止2017年年底药学部正式员工117人，在职药学专业技术人员共有106位，其中新入职员工8位，在各个药房轮转。