北京大学第一医院儿科成立于建院初期，1926年建立独立的儿科病房，1929年在国内率先成立小儿科学教室(儿科教研室)，按西方现代儿科模式开展儿科医教研工作，1946年1月开始实行24小时住院医师制度及规范的医师培训制度，从而成为我国最早建立起来的现代儿科之一。经过几代人的探索、建设，目前已成为基础扎实、梯队健全、技术力量雄厚、医教研全面发展的学科。儿科是国家首批建立的博士点(1981年)和博士后流动站(1992年)、"211工程"重点学科的组成部分(2001年)，连续被评为国家重点学科(1989年，2001年，2007年)，是国家级继续教育基地(2003年)、卫生部专科医师培训基地(2005年)及儿科遗传性疾病分子诊断与研究北京市重点实验室(2014年)。2010年儿科重症专业获批卫生部儿科国家临床重点专科，2010年批准儿科肾脏专业为中国首个国际儿科肾脏病学会培训中心，2016年评为北京市危重症新生儿抢救指定医院(转会诊中心)，2017年成为北京市儿科远程会诊中心，2017年获批中华护理学会儿科专科护士培训基地。2018年成为第二批北京市级妇幼保健专科(儿童营养专科)示范单位。2019年获批中国脊髓性肌萎缩症诊治中心联盟牵头单位之一，中国儿童心血管专科联盟、中国儿童晕厥中心、北京市新生儿先天性心脏病筛查机构及诊断机构。2019年评为第一批全国儿童血液病定点医院和全国儿童实体肿瘤诊疗协作组北京协作组牵头单位。