药学部成立于建院之初的1915年，是医院重要的医技科室。它集药品调剂供应保障、临床药学服务、药学科研教学、药事管理为一体的综合性科室。近年来，药学部以药品供应保障、现代化物流管理为基础、以临床药学服务为中心、以药学科研为方向，完成了从从药品供应保障向临床合理用药管理的转型。医院药品物流实现了全程电子化闭环管理;临床药学工作已在8个临床专业(抗凝药物、小儿用药、肿瘤药物、肾内科、移植、内分泌、妇产科)配备专职临床药师。已建成合理用药全面质控、慢病管理个体化服务、临床药学实践和临床药理研究紧密结合的临床药学服务体系，2013年获国家临床药学重点专科建设单位;科研方面，北大医院药学部临床药理研究室成立于1990年，经过近30年的发展，不断改善研究条件，加强研究能力，研究水平得以快速提高，目前参与了多项国家863课题和科技部"十一五""十二五"重大新药创制项目。