电镜室由我院前病理科主任、病理学专家唐素恩教授于1979年筹建，1983年正式成立，是国内首批设立于医院、旨在进行临床超微病理诊断和科研服务的科室。目前电镜室配备有透射电镜3台、扫描电镜1台、超薄切片机3台、全自动组织处理机2台、自动冷冻替代仪1台，在承担全院超微病理诊断及超微结构科研工作的同时也对外开放。通过高分辨率的透射和扫描电镜的观察，能够反映组织细胞的内部超微结构和表面立体结构及其病理改变，从而在临床疾病的病理诊断和形态学研究中发挥不可替代的重要作用。本室临床工作的特色是肾脏病和神经肌肉病的超微病理诊断，其中肾脏病的诊断在国内开展最早，处于领先地位，呼吸系统肿瘤、皮肤病、部分少见肿瘤和罕见病的诊断也是本室的重要工作内容;作为医院科研的重要平台，透射电镜和扫描电镜的研究惠及大部分科室、涉及全身各个系统和器官，为我院各类基金课题的完成和研究生培养，提供了重要的技术平台和培训基地;目前本室的免疫电镜技术也比较成熟，是临床科研和疾病诊断的重要辅助手段。2013年9月8日，我院超微病理诊断与研究中心(简称超微病理中心)成立，该中心以电镜室为平台，联合病理科、肾内科、神经内科、泌尿科、儿科、皮肤科等临床医技科室的教授、医师组成，旨在促进电镜新技术与临床资源的优势结合，以提高我院的超微病理诊断和超微结构研究水平。