消化内科是医院重点建设的科室之一，科室共有医师19名，具有副高级以上职称的有9名。科室以疑难重症消化系统疾病的综合诊治为特色，目前展开55张床位（位于F栋18楼），内镜中心10个检查室（面积1700平米），开展所有内镜下各级手术，包括超声内镜下活检术、超声内镜下各种介入治疗（胰腺假性囊肿引流、包裹性坏死清创术、腹腔神经节阻滞术，囊肿消融术，胰腺良性神经内分泌肿瘤消融术，胆胰管引流术），ERCP胆管碎石、取石术、胆胰管支架植入术；门脉高压性消化道出血的套扎、硬化及组织胶注射治疗、急性消化道出血的镜下止血治疗；消化道粘膜下肿瘤及消化道早癌的内镜下治疗；胶囊镜、小肠镜诊断各种小肠疾病，小肠镜下止血息肉切除等治疗。出血性内痔、直肠粘膜脱垂的硬化、套扎治疗；内镜下消化道狭窄扩张术、支架置入术、肠梗阻导管置入术、胃造瘘术。尤其疑难复杂肝胆胰疾病的内镜下治疗，在省内甚至全国享有一定声誉。学科带头人张筱茵主任医师是全国知名内镜专家，尤其在超声内镜下的诊断治疗方面有很深造诣，来深圳前任西京消化病医院（复旦排行榜消化内科专科连续十年排名第一）内镜中心副主任，来深圳后填补了我市超声内镜下诊疗的多项空白。2018年5月实施深圳市首例粪菌移植，成功挽救濒危病人，此后开展粪菌移植治疗抗生素相关性肠炎、炎症性肠病、顽固性腹泻、放射性肠炎、自闭症、慢性便秘等一系列肠道菌群紊乱相关性疾病，取得满意疗效。科室在消化及相关系统复杂疑难病的诊治方面，以整合医学理念为指导，以先进的内镜技术及肠道微生态重建技术为支撑，形成了以病人为中心，全程式、一站式的整合型医疗服务特色。