肝胆胰外科（微创外科）位于住院大楼10楼，拥有普通病床23张。科室成立于2005年9月，是在原普通外科的基础上建立起来。目前是深圳市南山区唯一的具有专科诊室及病房的科室，也是深圳市为数不多的几家专科之一。年门（急）诊量6000余人次；出院病人800人次左右，手术量600台次。科室成立之初，医院领导就本着高起点的原则，将科室与被誉为"医院中的黄埔军校"的西南医院肝胆外科合作，将西南医院的先进技术引进南山医院。目前又与久负盛名的华中科技大学协和医院合作，得到他们的技术支持，该院胰腺外科在国内处于领先水平。到目前为止，科室已经开展了绝大部分三甲手术，手术效果良好，受到患者的好评。此外，科室还与广州中山大学附属医院、南方医院、北京301医院及四川华西医院等有广泛的业务联系。肝胆外科的目标是立足深圳西部，辐射深圳乃至珠三角，争取借与协和医院合作的东风，以一流的员工素质、一流的技术水平、一流的服务作风创出一流的服务质量，更好地满足广大群众不同层次的医疗服务需求。