药学部是集医疗、科研、教学为一体的综合型药学部门，下设药剂科、临床药学科、静脉用药配置中心、临床试验机构办公室，主要职责包括药品调剂与供应、临床药学服务、静脉药物配置、药物与器械临床试验管理、药学研究、南方科技大学药学教学工作等。目前药学部药师共计68人，其中博硕士学位10余人，中高级职称30余人，形成了活力与经验并重的金字塔型人才梯队。药学部秉承"安全、有效、经济、合理"的用药理念，坚持"以病人为中心"的服务宗旨，创新医院用药网络模式，实现了静配中心的智能化、门急诊中西药房的自动化、临床药学服务的信息化。药学部还以微信"药我说"视频号为主要平台，持续为社会群众提供专业的药物治疗科普知识；同时紧跟世界医学科技前沿，近五年以3D打印制剂、精准医学治疗、临床合理用药等为研究课题发表中英文论文20余篇，向粤港澳大湾区卓越的大学附属医院药学部的目标不断迈进。