深圳市第二人民医院手术中心，位于外科楼的7楼、8楼，内设有手术间共30间，其中智能数字化手术间6间，杂交手术间1间，手术中心配有当前国际先进的设备和仪器,如血管造影机、手术机器人、宝石激光仪、一体化腔镜系统、高清腔镜系统、超声刀、能量平台、血管闭合系统、CUSA、体外循环机、X光机、电子显微镜、全程数码摄像转播系统等等。每年高质量地完成3万余例手术。手术室拥有一支敬业爱岗、技术过硬的护理队伍，秉承"安全""慎独""团结""奋进"的科训，为患者提供安全、优质、高效的围手术期护理，创建和谐的工作环境，深受省市外科同行及患者的赞许。科室被评选为广东省"手术室专科护士培训基地"、广东省"巾帼文明岗"、深圳市护理学会手术室专业委员会副主委单位、深圳市"优秀护理集体"、深圳市"巾帼文明岗"、深圳市"和谐示范岗"，连续十二年获得院级"优秀护理集体"一等奖。