香港大学深圳医院器官移植中心由玛丽医院肝移植中心总监、成功进行全世界首宗成人活体换肝手术的著名专家卢宠茂教授负责。香港大学肝脏移植中心是移植领域国际公认的卓越中心。香港大学肝脏移植中心从1991年就在香港开始了肝脏移植服务。1993年，中心为一名儿童进行了第一次活体肝移植,并在1994年为一名成人进行了第一次肝左叶活体移植。1996年，中心成功实施了世界首例成年人肝右叶移植。为了最大限度的利用器官，2000年，中心进行了亚洲首次劈离式肝脏移植。2010年，中心实施了首次心脏、肝脏合并移植。港大深圳医院器官移植中心的目标是立足自身建设，依托香港大学肝脏移植中心雄厚的实力、成熟的技术、殷实的科研和盛负的国际声誉，汲取国内外肝脏移植的先进理念和技术，优化组成结构与运作模式，发展创新，努力达到国际先进水平。将积极开展乙型肝炎、肝硬化、终末期肝病、肝癌及先天性肝胆缺陷疾病的保健和健康教育；通过肝移植的开展，促进医院各相关临床科室、检验科室、检查科室业务水平的提高和协作；与相关合作医疗机构建立良好的合作关系，负责对肝移植技术进行技术指导工作和相关人员的业务培训工作；追踪肝脏移植的国内国际新进展和发展趋势，开展肝脏移植技术的国内外合作与交流。2018年，医院通过"三名工程"平台，引入"香港大学玛丽医院卢宠茂教授卓越肝脏移植团队"。医院同时成立OPO(OrganProcurementOrganization,器官获取组织)办公室。2018年11月中，医院成功实施首例器官捐献获取手术。