香港大学深圳医院感染性疾病综合诊疗中心采用香港玛丽医院微生物学系的模式，是医院"高水平医院"重点建设项目。卓越的临床会诊和实验室诊断服务通过与各科医生密切合作的模式，临床微生物医生对患者进行检查,优化实验室检测方案以适应临床需求，提出适当的感染控制策略（由感染控制护士执行），与药师合作进行抗菌药物管理工作，并将新发现与基础科学家的快速研究密切联系。通过这些密切的合作，中心能诊断出非常罕见的疑难病例，如Whipple"s病、Q热、肝毛细线虫肉芽肿、尖端赛多孢子菌慢性脑膜炎等。中心对病毒、细菌、真菌和寄生虫引起的各种传染病具有出色的实验室诊断能力（包括各种分子诊断）。主动监测的医院感染控制策略得益于有效的抗生素管理，自2012年医院成立以来，抗生素使用率一直保持较低水平。中心还对多重耐药菌进行主动筛查，以防止院内传播。中心已经建立一套完善的系统，对医院感染进行监测和暴发调查。医院感染控制卓有成效，在ACHS评估中获评EA(成就卓著)等级。临床服务与基础研究相连结中心积极开展先进的流感和其他呼吸道感染、新发传染病、HIV和肝炎的临床研究和基础研究。中心现有临床、护理和检验各专业的人员，积极参与各种研究，将病人护理与传染病基础科学相连结。