深圳市儿童医院消化内科于2013年9月独立成科，近年来发展迅速，是深圳市及周边地区唯一的小儿消化专科，具有全面的小儿消化专业的诊疗技术，在市内持续保持领先水平。科室现有消化专业医师17人，其中主任医师3名，副主任医师4名，主治医师6名，住院医师4名，临聘兼职科研人员1名；护理人员25人，其中副主任护师2人，主管护师4人，护师13名，护士6人。医师中具有博士学位2人，硕士学位14人，本科学位1人，海外留学归国人员2人。消化内科科室技术力量雄厚，专业设备完善，紧跟国内小儿消化专业先进技术开展一系列先进技术，如：食物过敏的诊治，牛奶蛋白激发试验，消化道狭窄性疾病的内镜直视下球囊扩张术，经皮内镜引导下胃造瘘置管术，婴幼儿结肠镜的检查和治疗，新生儿胃镜的检查和治疗，胶囊内镜，24H动态胃酸监测，氢呼气试验，13C呼气，双气囊小肠镜诊疗技术等。收治的消化专科主要病种有：消化道出血，黄疸查因，胆汁淤积性肝病，巨细胞病毒性肝炎，小儿脂肪肝，肝硬化，消化不良，营养不良，食物过敏性疾病，消化性溃疡，腹泻病，包括急性、慢性及迁延性腹泻，腹水查因，腹痛查因，腹胀查因，胃食管返流病，食管炎，慢性胃炎，周期性呕吐，急性胃炎等专科疾病。消化内科包括消化内科病区和消化内镜诊疗中心，消化内科病区开放床位55张，设在B楼12楼，内镜诊疗中心设在B楼3楼，配备有多台先进仪器设备，如：13C呼气仪、胃肠电图、胶囊内镜、氢呼气仪、24H动态胃酸监测仪等。