深圳市儿童医院儿科研究所于2001年经深圳市卫生局批准筹建，隶属于深圳市儿童医院，是一家以医学基础和临床研究相结合、转化为重点的儿童医学研究机构。研究所定位于建设国内一流的儿童医学研究中心。重点研究领域包括儿童干细胞研究、代谢组学研究和精准医学研究；研究领域涵盖血液肿瘤、免疫、神经、新生儿、小儿外科等专业。配备有以超高速冷冻离心机为代表的基础设备、以高端流式分选系统为代表的免疫学相关设备、以激光共聚焦显微镜为代表的细胞影像学设备、以蛋白纯化仪为代表的蛋白组学设备、以质谱/串联质谱为代表的代谢组学设备，以数字PCR仪为代表的基因组学设备、以全自动细胞培养系统为代表的生物样本库设备等。儿研所长期以平台建设为抓手，已设有广东省细胞与基因治疗创新药物工程技术研究中心、深圳市小儿血液肿瘤分子诊断公共服务平台、深圳市病原体高通量基因测序技术工程实验室、深圳市儿童重症疾病诊断重点实验室等省、市级重点技术研究平台，未来将进一步筹建深圳市儿童医院精准医学研究室、代谢组学研究室和儿童生育力保持工程中心，整合临床研究资源、技术优势、管理优势，促进儿科临床及基础研究的发展及学科影响力，开创医、技、研协同互动、共同发展的良好局面。