深圳市儿童医院新生儿科于2007年及2011年分别获得了深圳市卫生系统重点学科支持，2017年被授予深圳市危重新生儿救治中心。依托深圳市儿童医院各专科雄厚的技术实力，目前是新生儿科是深圳市唯一能解决新生儿内科各类疾病的新生儿专科，已成为集新生儿诊疗、危重新生儿监护和新生儿康复为一体的新生儿医学中心。科室目前开设病床100张（其中NICU80张），每年转运危重病人1200余人，覆盖深、莞、惠以及粤东地区，联系80余家各级医院。拥有专科医生19名，其中博士4名、硕士13名，正高4名、副高6名，博士研究生导师1名、硕士研究生导师2名。专科护士近80名。新生儿科设备齐全，设有监护仪120台，呼吸机15台，CPAP、BiPAP、NIPPV和无创高频等无创呼吸机10台，脑氧监护仪5台，亚低温治疗仪4台，以及床边脑电图监测。科室建立新生儿脑损伤亚专科、消化与感染亚专科、呼吸亚专科、循环亚专科和感染亚专科等五大亚专科，各亚专科协同发展，稳步提高医疗质量。每年收治各类新生儿病例2000多例，以危重病例、疑难病例、早产儿、先天性疾病为主，每年收治极低出生体重儿100多例。新生儿科不断开展临床新技术，整合全院技术力量，开展24小时全天候的危重新生儿院前转运，开展各种呼吸管理、吸入一氧化氮、亚低温、血液净化（CRRT）、体外膜肺氧合（ECMO）等先进救治技术，开展各种新生儿外科手术；住院新生儿病死率明显下降，极低出生体重儿存活率达到国内先进水平。并开设新生儿专科和新生儿随访门诊。科室目标成为粤港澳大湾区一流的危重新生儿救治中心，全国一流的新生儿脑损伤救治与康复基地；通过全面发展新生儿各个亚专业，以危重新生儿转运为基础，建立深圳市及整个粤东地区各基层医院为转运网络，重点开展新生儿神经重症监护中心（NNCC）、精准医学、极低超低出生体重儿的救护和新生儿外科围手术期管理等，为粤港澳大湾区百姓提供一流的新生儿救治水平。