儿童心理与康复科是深圳市妇幼保健院院级重点专科，并与儿童健康科，儿童保健科，新生儿筛查中心共同作为深圳市妇幼卫生与儿童保健重点专科。儿童心理与康复科分儿童心理专科、高危儿管理专科、儿童康复专科、听力筛查与诊断专科四大亚专科。儿童心理专科开设儿童心理门诊和心理康复中心，承担儿童心理障碍诊疗及健康教育工作，对全市儿童心理保健工作指导、培训、督导和质量控制，推动儿童心理保健公共卫生项目的开展，率先在国内开展孤独症早期筛查及托幼机构幼儿心理卫生问题筛查，建立三级网络。高危儿管理专科主要是负责本院出生和全市转诊高危儿的健康管理及追踪随访，是卫生部"早产（儿）干预研究项目单位"，参与两个国家级早产儿追踪项目。协助儿童群体保健科制定全市高危儿管理方案与工作指南，建立全市高危儿管理三级网络，对全市各级医院高危儿门诊医生进行业务培训。儿童康复专科开展了PT、OT、ST等方向康复工作及各种物理治疗和神经调控治疗。康复医生承担康复门诊患儿的诊断、康复评估和康复治疗。康复治疗师承担高危儿童的早期神经发育促进干预，高危儿专科发现的神经发育障碍儿童的康复治疗。听力诊断筛查与诊断专科临床开展听力筛查及诊断工作，协助儿童群体保健科推动市级儿童保健公共卫生项目"新生儿听力筛查项目"，对全市听力筛查人员业务培训，对筛查方法、流程、质量控制等进行指导。