中山七院消化医学中心是医院重点建设和发展的学科之一，是医院多学科（MDT）诊疗模式的示范中心，按国家级重点学科和国际消化医学名院的标准进行建设。目前设置包括胃肠外科、消化内科、临床营养中心、内镜中心和门诊部。诊治范围包括消化系统内科及外科的各种疾病。消化医学中心汇集了一批国内外著名的医疗专家和科学家，包括：消化医学中心首席科学家、著名胃肠外科专家何裕隆院长，知名胃肠外科专家、临床营养学专家张常华副院长，美籍华人知名消化内科专家张全亮教授等。2020年消化医学中心下属专科胃肠外科被评为深圳市临床重点专科。