内分泌代谢科建科于2002年，是粤西地区成立最早的内分泌专业科室。具备解决粤西地区常见内分泌代谢病的诊治及预防保健的能力；对疑难及危重内分泌代谢疾病进行诊断、治疗及抢救在本地区一直保持领先水平。是粤西地区最早开展甲状腺穿刺组织病理检查、甲状腺结节、囊肿穿刺治疗的科室，较早开展动态血糖监测、胰岛素强化治疗、继发性高血压筛查项目的科室，目前糖尿病胰岛素强化治疗、动态血糖监测、垂体性疾病、继发性高血压筛查、生长发育异常疾病的诊治处于粤西地区领先水平。在医院综合门诊内设有2个内分泌代谢科门诊。