血液科拥有病床34张，其中干细胞移植层流病房6间，配备国际先进移植设备，可进行外周血干细胞采集、白细胞分离、血浆置换等。该科有细胞形态室、流式细胞室、细胞培养室、细胞遗传室和分子生物室等完善的辅助检查实验室，能进行细胞形态学检测、细胞免疫表型分析、染色体核型分析、病理基因检测、HLA配型和造血干/祖细胞体外培养及冻存等各项血液系统疾病诊治所必需的实验检查项目。该科是北京市重点血液专科，是市属医院较早开展造血干细胞移植及细胞免疫治疗的单位，也是北方造血干细胞协作组领衔单位和国内流式细胞术应用的先进单位，对血液系统疾病的诊治始终保持在国内学科的前沿。其中自体造血干细胞移植治疗多发性硬化等疾病，治疗例数和疗效居国内领先。该科是博士和硕士研究生培养点。