消化内镜自20世纪80年代末开始运用于儿科，作为一门先进的医疗诊断手段在儿科已有广泛应用。近年随着内镜技术的飞速发展，消化内镜已不再是一门单纯的诊断技术，更不断应用于各种疾病的治疗，至今已发展成为消化内镜学。北京儿童医院消化内镜用于临床诊疗始于1989年，目前已为患儿服务近30年，每年完成胃肠镜检查千余例。为进一步发展消化内镜技术，2015年北京儿童医院决定由消化科联合中医科、普通外科成立了北京儿童医院消化内镜中心。目前消化内镜中心除常规小儿胃肠镜检查外，还开展了无痛胃肠镜诊治技术，包括儿童双气囊小肠镜、消化道狭窄扩张术、消化道息肉切除术、黏膜下切除术(EMR)、食道静脉曲张精准断流术(ESVD)、内镜下异物取出术、内镜下止血治疗术、经口内镜下肌切开术(POEM)等。广泛应用于胃炎、消化道溃疡、幽门螺杆菌感染、食道狭窄、食管胃底静脉曲张合并消化道出血、贲门失弛缓、P-J综合征、息肉、不明原因消化道出血(小肠)等的诊治。内镜中心现有正主任医师3人，副主任医师4人，主治医师5人，住院医师6人，内镜专业护士4人，其中具有博士学位2人，硕士学位13人。北京儿童医院消化内镜中心使用内镜微创技术竭诚为全国患儿服务，内镜微创技术具有创伤小、无疤痕、恢复快、精准度高、并发症少等优势，可大大减少手术病痛，最大限度维持了儿童的生理结构和生长发育，是患儿消化系统疾病的优选。