呼吸二科负责各种呼吸系统疾病和非传染性肺结核病的诊治和研究，科室创始人江载芳教授为我国著名的儿科专家，是我国儿内科主要创始人之一。学本科室具有雄厚的医疗、科研和教学实力，全体医生均为硕士以上学历，博士占90%。本科室对儿童各种呼吸系统疾病的诊治有深入的研究和丰富的临床经验，在呼吸系统疑难及少见病的诊治方面尤为突出，如反复呼吸道感染、反复喘息和反复咳嗽、各种难治性和反复肺炎、难治性和重症哮喘、不明原因咯血和肺泡出血、间质性肺炎、胸腔积液、支气管扩张闭塞性细支气管炎、先天性和后天性气道狭窄、气道肿瘤、吸入性肺部疾病、肺动脉高压以及肺血管、淋巴管畸形、免疫缺陷病引起的肺部损伤以及其他系统疾病的肺部表现等等，受到国内外同行和家长肯定，病人来自全国各地。对常见呼吸疾病的深度和精准诊治也处于国内领先水平，主要执笔和参与了我国多部儿童常见呼吸系统疾病指南的制定，参与和主编多种儿童呼吸疾病和结核病著作，如诸福棠实用儿科学、实用小儿呼吸病学、实用小儿结核病学等。对儿童肺结核的诊治国内领先，制定了全国儿童结核病诊治规范。本科室除完成病房和门诊以及教学工作，注重科学研究，主要研究方向包括反复肺炎的诊治、支气管扩张的病因诊断、先天性和后天性疾病的气道疾病介入治疗、5岁以下儿童哮喘的诊治和早期预测、闭塞性细支气管炎的个体化诊治、囊性纤维化和免疫缺陷病的长期治疗、儿童重症肺结核的诊治、肺间质性疾病的病因诊断和长期治疗、肺泡出血综合征的病因诊断和长期治疗，以及其他疑难少见病的诊治。获得卫健委、国家自然科学基金、北京自然科学基金、市医管局等多种基金资助。