2001年，在胡亚美院士和吴敏媛教授的直接领导下，成立北京儿童医院血液病中心造血干细胞移植专业组，是国内最早全面系统开展儿童造血干细胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液肿瘤中心干细胞移植病房基础上，成立了北京儿童医院干细胞移植科，科室核定设有8个百级仓，并正在筹建国家儿童医学中心干细胞移植科保定病区16个百级仓，预计2021年6月投入使用。科室每年移植患儿100-150例，已成为目前国内最大的儿童造血干细胞移植中心之一，也是国内最大的开展儿童单倍体相合造血干细胞移植单位。目前科室全面开展异基因造血干细胞移植和自体造血干细胞移植，异基因造血干细胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(单倍体)移植，干细胞来源包括骨髓、外周血、脐带血。目前造血干细胞移植近千例，其中2/3为单倍体造血干细胞移植。病种包括白血病、淋巴瘤、神经母细胞瘤、再生障碍性贫血、噬血细胞综合征、慢性EB病毒感染等儿童血液肿瘤疾病，也包括石骨症、脑白质营养不良、免疫缺陷病等先天遗传代谢性疾病。依托于国家儿童医学中心多学科技术支持，对难治/复查白血病及肿瘤疾病、先天遗传代谢病、免疫相关疾病、小年龄组患儿以及复杂重症病例的移植经验丰富。结合儿科病人的特点，相对于其他移植中心，更注重了对移植前后病人的生存质量、营养管理、生长发育的监测及干预。设有由专业医护、心理及医务社工团队组成的舒缓治疗小组，对患儿进行疼痛症状管理，患儿及家长的心理疏导，进一步提高患儿的生存质量。科室团队拥有17名医师，其中硕士研究生导师2人，副高级以上职称9人，中级职称3人。其中博士后2人，具有博士学位者6人。团队成员先后承担国家自然科学基金2项，北京市自然科学基金2项，教育部博士点基金1项;1人入选北京市优秀人才青年拔尖计划(高创计划)，1人入选国家外专局培训计划，2人入选北京儿童医院苗圃计划;1人科研成果入选"北京市自然科学基金十二五期间优秀成果选编"。团队成员共发表第一作者SCI论著多篇，参与编写书籍多部。科室秉承全心全意服务于移植患儿的原则，建立移植病人检查绿色通道，最短时间完成检查并开始治疗，精益求精，为患儿得到最优质的医疗服务和最好的疗效而不断努力!