泌尿外科于1972年在国内小儿泌尿外科创始人黄澄如教授的带领下组建，是国内最早的小儿泌尿外科专业，床位由最初的11张扩大到60余张，年手术量约2800余例，但仍远远不能满足大量病人住院需求，大部分病人来自外省市，多数为疑难重症。2002年1月成立北京市小儿泌尿中心。专业队伍技术力量雄厚：现有主任医师5人，副主任医师8人,主治医师2人，住院医师6人。多位专家担任中华医学会学术职务，孙宁教授、张潍平教授曾先后任中华医学会小儿外科分会主任委员，黄澄如、孙宁、张潍平教授曾先后任小儿外科分会泌尿外科学组组长，宋宏程副教授任小儿外科分会泌尿外科学组副组长，李明磊、宋宏程副教授曾任中华医学会小儿外科分会青年委员会副主任委员。博士研究生导师2人，硕士研究生导师4人，孙宁教授担任外科教研室主任，张潍平教授为泌尿外科主任，宋宏程副教授为泌尿外科副主任。经过多年的经验积累，各种小儿泌尿生殖系疾病的诊断和治疗达到国内领先、国际先进水平。其中泌尿生殖系畸形中尿道下裂个体化治疗积累上万例经验，一期手术修复成功率达80%以上，且外形美观;先天性肾积水肾盂输尿管吻合手术成功率95%以上。泌尿生殖系肿瘤中各种肾脏肿瘤病理类型的诊治积累了丰富的临床经验，其中肾母细胞瘤经手术、化疗及放疗等一系列综合治疗长期生存率90%以上;横纹肌肉瘤及睾丸肿瘤也取得满意效果。泌尿生殖系创伤中外伤性后尿道断裂急症经会阴入路一期手术修复后尿道，明显缩短病程、减少并发症，陈旧性外伤性后尿道狭窄与闭锁经会阴修复或会阴联合耻骨入路修复积累了丰富经验，肾脏外伤特别是肾盂输尿管交接部断裂的诊治达国际领先水平。神经性膀胱功能障碍：根据尿流动力学改变选择适当治疗，清洁间歇导尿和可控性尿流改道在保护患儿肾功能前提下获得排尿控制、提高生活质量。熟练应用腹腔镜微创手术：用于肾盂输尿管连接部梗阻、气膀胱手术、重复肾半肾切除、触摸不到的隐睾、精索静脉曲张、肾切除、前列腺囊切除等，使损伤减小、病程缩短、早期恢复正常活动。积极开展科研指导临床是小儿泌尿外科的另一特色。尿道下裂病因学研究、包皮血液供应的解剖学研究、尿道下裂修复手术的临床研究、肾肿瘤病理组织类型、横纹肌肉瘤多药耐药性的研究、神经源性膀胱等下尿路梗阻尿动力学研究等对推动上述临床工作发展和水平提高发挥了重要作用。北京儿童医院小儿泌尿外科注重开展国内外学术交流，同时是国内小儿泌尿外科专科医师培训基地。近些年在包括美国新英格兰杂志在内的国内外核心期刊发表论文350余篇。多次获得北京市和北京市卫生局科技进步奖。已完成或正在完成首都医学发展基金、卫生部重点支撑项目、跨世纪人才工程和十百千工程等多项科研项目。2012年获得国家自然科学基金支持，对尿道下裂的病因学进行了深入的研究。近年来获得专利近10项。1996年主编出版了国内第一部小儿泌尿外科专著《小儿泌尿外科学》，2006年出版《实用小儿泌尿外科学》，撰写黄家驷《外科学》、吴阶平《泌尿外科学》、张金哲《小儿外科学》等多部外科学专著中小儿泌尿外科章节。