北京儿童医院病理科成立于1955年，是在我国现代儿科医学奠基人、北京儿童医院第一任院长诸福棠院士倡议下，由国内知名儿科病理医生李佩娟教授创建，是国内儿童专科医院中最早成立的病理科。具有业务范围广、标本量大、病种杂、疑难病例多、经验丰富、诊断水平高的特点，在国内儿童病理诊断方面享有较高的知名度。多年来，病理科从初期的仅有2名工作人员发展为在编医技人员14人(其中主任医师1人，副主任医师1人，其它医技人员12人)，从早期1台切片机加1部显微镜发展到现在拥有全封闭自动脱水机、全自动包埋机、全自动染色机、全自动免疫组化染色机、人手一台的高分辨显微镜、5人共览显微镜、LED光源高级显微镜、电子透射显微镜等许多先进的仪器设备，为临床病理诊断的顺利开展提供重要支撑。病理科实行科主任负责制，在学科带头人何乐健主任医师领导下，科内下设病理诊断、常规病理技术、免疫组化、电子显微镜、神经肌肉共5个实验室，开展的项目有常规活体组织病理诊断、尸体解剖、术中快速冰冻病理诊断、免疫病理诊断及电镜病理诊断。病理科自成立以来，一直承担着医院临床病理的教学、医疗、科研和人才培养等工作。至2013年，累计活体组织病理诊断13万例、尸体解剖近万例、电镜病理诊断八千例，疑难病理会诊五千例，工作量位于全国儿童医院病理科首位。具有业务范围广、标本量大、病种杂、疑难病例多、经验丰富、诊断水平高的特点，在国内儿童病理诊断方面享有较高的知名度，并形成自己的特色和优势，如儿童软组织肿瘤、淋巴造血系统肿瘤、泌尿生殖系统肿瘤、肾脏穿刺、儿童间质性肺疾病。自1982年被国务院学位办批准为病理学专业硕士学位授予点以来，病理科共培养硕士研究生10名，协助临床专业培养硕士及博士研究生30余名，主编、副主编专著1部，参加编写专著5部，在国内外杂志发表论文近百篇，获得北京市卫生局科技进步奖3项。在医疗改革深化的过程中，病理科将不断开展新技术、新项目，为患儿提供更加优质的服务。