黑龙江省第二医院病理科创建于1968年——黑龙江省职业病研究院建立之时，主要承担职业病尘肺的病理诊断及职业病死亡患者尸检及部分器官的检验工作，同时开展了大量的动物实验，发表了许多学术论文，在国内职业病病理诊断领域处于领先水平，为职业病尘肺的病理诊断发展做出了贡献。1988年医院改扩建，成立黑龙江省第二医院、建立了临床外科，病理科工作的重心由职业病尘肺的诊断逐步过渡到临床病理的诊断，坚定的支撑着医院由职业病专科医院转型为综合医院。病理科配备了大量先进的仪器设备，主要的仪器如显微镜、切片机、脱水机等均为德国知名品牌徕卡（Leica）生产。