牡丹江市妇幼保健院小儿外科，成立于1996年，是牡丹江地区专业治疗儿童外科疾病的科室,是黑龙江省东南部地区小儿外科疾病的诊治、科研中心，现为牡丹江市重点专科。专业治疗0~18周岁儿童外科疾病。与北京首都儿科研究所，北京儿童医院，上海儿童医学中心，哈尔滨医科大学附属第一医院、第二医院，哈尔滨儿童医院等小儿外科中心建立长期合作关系，定期开展学术交流。引进国内最先进的小儿外科技术，重点开展新生儿先天畸形，小儿发育异常的诊治，现为牡丹江地区唯一一家先天性结构畸形诊疗救助机构。科室设有新生儿外科，小儿普外科，小儿泌尿外科，小儿微创外科等专业。治疗范围如胆总管囊肿、先天性巨结肠、膈疝、肛门闭锁、肠闭锁、肠重复畸形、肠旋转不良、脐膨出、先天性肥厚性幽门狭窄、甲状舌管囊肿、鳃裂囊肿、血管瘤、肾积水、尿道下裂、隐睾、隐匿阴茎、包茎等等，引进国际上最先进的小儿内镜技术，开展小儿腹腔镜等微创手术治疗小儿腹股沟斜疝、鞘膜积液、阑尾炎、精索静脉曲张、隐睾等疾病。引进了市里唯一一台儿童外生殖器康复治疗系统，其操作简捷方便，人性化操作界面，对使用者使以体外治疗，安全无痛无创伤，无任何毒副作用，疗效显著，不产生依赖性，集负压吸引、视音双频辅助治疗、气动按摩、水动按摩、强水流刺激、药浴、波普照射等多种治疗模式于一体，是儿童隐匿阴茎、阴茎短小、外生殖器发育迟缓的理想康复治疗仪器。科室现有主任医师1名，主治医师1名，住院医师3名。主管护师2名，护师6名，护士1名。科室共有16项技术填补本地区空白，12项技术获科技进步奖及省市新技术应用奖。