该科创建于1956年，是国内最早成立的中医肛肠专科，在学术界享有盛誉。目前共有床位88张，在职医师17人，均为硕士以上学历，其中博士11人，博导1人，硕导4人，年收治患者3000余人次，对各种肛肠常见、疑难与危重病症的诊治居同行业领先水平，特别是痔疮、肛瘘与直肠脱垂的治疗，是该科最具全国影响力的优势病种。近年来，在腹腔镜下结直肠肿瘤的各种微创手术方面，亦受到患者广泛好评。该科共获得国家级课题7项，省部级课题11项，市级课题4项，各级科研奖励10余项，多年来一直坚持在亚洲、欧洲及北美洲10余个国家和地区开展医疗合作和学术交流，或定期出诊、授课，为国家赢得了荣誉。累计培养博士、硕士60余人次，出站博士后3人，同时培养了来自全国各地的一批又一批专业人员，许多人都成长为地方防治肛肠疾病的骨干力量或全国知名专家，同行们把这里称之为"中医肛肠专家的摇篮"。该科先后被国家中医药管理局确定为"十一五"至"十三五"全国中医肛肠医疗中心、全国中医肛肠重点专科与重点学科、北京市中医肛肠重点专科，2019年，在李华山主任领导下又被国家中医药管理局确定为"区域中医肛肠诊疗中心（中央区域）建设单位"，成为名副其实的中医肛肠"国家队"。