病理科是连接临床与辅助科室的纽带，目前有医务人员8名，其中主任医师2名，主治医师1名（硕士研究生），医师2人（大学本科），技师3人（大学专科）。近年来，科内有多人到山东大学附属省立（集团）医院，北京妇产医院，赤峰市医院，赤峰市第二医院进修学习。病理诊断是医院临床诊断工作中可靠的一种定性手段。其主要任务就是承担临床各科室送检标本的诊断工作，包括手术切除肿块器官、各种腔镜钳取组织、各器官细针穿刺组织及脱落细胞学检查等，可为临床提供明确诊断，确定疾病性质，为临床制定治疗方案提供可靠依据。因此，病理诊断的质量不仅对相关科室甚至对医院整体医疗质量构成极大的影响，随着医学的发展，“病理为医之本”的信条逐步得到充分体现。赤峰生殖健康专科医院病理科布局合理、分室明确。科室拥有德国产莱卡（leica）全封闭自动脱水机、切片机；包埋机、彩色图文报告系统；PCR分子杂交仪；美国新柏氏公司产液基薄层细胞检测（TCT）系统；日本产奥林巴斯显微镜、德国产莱卡1900冰冻切片机等医疗检测设备。可开展普通病理石蜡切片、术中冰冻切片、新柏氏液基薄层细胞检测、人类乳头瘤病毒（HPV）亚型检测以及免疫组织化学检测等多项检测业务。全年可完成细胞学检查近10000例，年活检量近3000例；HPV-DNA检查近1000例。